1999 yılında The Rhode Island School of Design'da mimarlık eğitimi aldı, 2000 senesinde yine aynı okulda yüksek lisans çalışmasını tamamladı. Yılmaz, iş hayatına Boston'da Carlos Zapata'nın yanında başladı, 2004 - 2006 yılları arasında Miami'de Zyscovich Architects ile kariyerine devam etti. 2006 yılında İstanbul'a yerleşen Mert Yılmaz, 2011 yılında Can Kendir ortaklığında CKMY Architects'i kurdu.